此又稱為牛津學堂為馬偕醫師所籌劃建立的，在那時他感於在外敎授課程與傳教的不方便。在光緒六年(1880年)起，便著手策劃並親自監工這個理學堂大書院的興建工程。

此建築的特色為融合了中西方建築的風格，格局是模仿四合院的農宅，但外表看似西方教堂，以糯米、烏糖、石灰與砂混合作為水泥之用，以廈門運入的親水磚與閩南瓦做建材，小紅磚外上油漆以防風雨。書院方位做東朝西，東西長76呎，南北長116呎，使得馬偕等外國來的傳教士在此給予台灣實施新式的教育。淡水在外在教育的薰陶下，自然的融合那股復古而綿長的情感。

建築於1882年落成，至今依然可見門楣上由馬偕題著「理學堂大書院 ,Oxford College 1882」為淡江中學與真理大學神學院的起源，至今被列為二級古蹟。